En 2001 estuvo involucrado en un caso policial, cuando disparó y mató a dos delincuentes que intentaban robarle cuando descendía de su vehículo junto a un amigo en Villa Martelli.
Con la salida del kirchnerismo del poder, Bonadio fue el protagonista de las principales causas en las que se investigan posibles hechos de corrupción cometidos durante los 12 años de gobiernos de Néstor y Cristina Kirchner.
Dólar Futuro, Hotesur y Cuadernos son los procesos más emblemáticos que pusieron contra las cuerdas a la ex mandataria. También investigó la tragedia del tren de Once -ocurrida el 22 de febrero de 2012- y procesó a Julio de Vido, Ricardo Jaime y Juan Pablo Schiavi; y a empresarios como Claudio Cirigliano.